Репродуктивная токсичность имеет много уникальных и сложных отличий от токсичности для других систем. В то время как другие формы экологической токсичности обычно связаны с развитием заболевания у подвергшегося воздействию человека, поскольку для размножения требуется взаимодействие между двумя людьми, репродуктивная токсичность будет проявляться в пределах репродуктивной единицы или пары. Этот уникальный аспект, зависящий от пары, хотя и очевиден, отличает репродуктивную токсикологию от других. Например, возможно, что воздействие токсиканта на одного члена репродуктивной пары (например, на мужчину) будет проявляться неблагоприятным репродуктивным исходом у другого члена пары (например, учащение самопроизвольных абортов). Любая попытка разобраться с экологическими причинами репродуктивной токсичности должна учитывать аспект, специфичный для пары.
Есть и другие уникальные аспекты, отражающие проблемы репродуктивной токсикологии. В отличие от почечной, сердечной или легочной функции, репродуктивная функция возникает периодически. Это означает, что профессиональные воздействия могут мешать воспроизводству, но остаются незамеченными в периоды, когда фертильность нежелательна. Эта прерывистая характеристика может затруднить идентификацию репродуктивного токсиканта у людей. Другая уникальная характеристика репродукции, непосредственно вытекающая из вышеизложенного, заключается в том, что полная оценка функциональной целостности репродуктивной системы требует от пары попытки забеременеть.