Репродуктивна токсичност има много јединствених и изазовних разлика од токсичности до других система. Док други облици токсичности по животну средину обично укључују развој болести код изложене особе, јер репродукција захтева интеракцију између две индивидуе, репродуктивна токсичност ће бити изражена унутар репродуктивне јединице или пара. Овај јединствени аспект који зависи од пара, иако очигледан, чини репродуктивну токсикологију различитом. На пример, могуће је да ће се излагање токсиканту од стране једног члана репродуктивног пара (нпр. мушкарца) манифестовати негативним репродуктивним исходом код другог члана пара (нпр. повећана учесталост спонтаног побачаја). Сваки покушај решавања еколошких узрока репродуктивне токсичности мора се бавити аспектом специфичним за пар.
Постоје и други јединствени аспекти који одражавају изазове репродуктивне токсикологије. За разлику од бубрежне, срчане или плућне функције, репродуктивна функција се јавља повремено. То значи да професионална изложеност може ометати репродукцију, али остати непримећена током периода када плодност није пожељна. Ова повремена карактеристика може отежати идентификацију репродуктивног токсичног средства код људи. Још једна јединствена карактеристика репродукције, која директно следи из претходног разматрања, јесте да потпуна процена функционалног интегритета репродуктивног система захтева да пар покуша трудноћу.