與其他系統的毒性相比，生殖毒性具有許多獨特且具有挑戰性的差異。 而其他形式的環境毒性通常涉及暴露個體的疾病發展，因為繁殖需要兩個個體之間的相互作用，生殖毒性將在生殖單位或夫婦中表現出來。 這種獨特的、依賴夫妻的方面雖然很明顯，但使生殖毒理學與眾不同。 例如，生育夫婦中的一個成員（例如，男性）暴露於有毒物質可能會在該夫婦的另一個成員中表現為不利的生殖結果（例如，自然流產的頻率增加）。 任何處理生殖毒性環境原因的嘗試都必須解決夫妻特定方面的問題。
還有其他獨特的方面反映了生殖毒理學的挑戰。 與腎臟、心臟或肺功能不同，生殖功能是間歇性發生的。 這意味著職業暴露會干擾生殖，但在不需要生育的時期卻不會引起注意。 這種間歇性特徵會使人類生殖毒物的鑑定變得更加困難。 直接從上述考慮得出的另一個生殖的獨特特徵是，對生殖系統功能完整性的完整評估需要這對夫婦嘗試懷孕。