監管空氣排放、水排放和廢物的首要原則是保護公眾健康並為民眾提供普遍福利。 通常，“民眾”被認為是在設施的一般區域內生活或工作的人。 然而，風流可能將空氣污染物從一個地區輸送到另一個地區，甚至跨越國界； 向水體排放的污染物可能同樣會在國內和國際範圍內流動； 廢物可能會運往全國或世界各地。
造船廠在建造或修理船舶和船隻的過程中進行各種各樣的操作。 許多這些操作會排放水和空氣污染物，已知或懷疑這些污染物會通過直接的生理和/或代謝損傷（例如癌症和鉛中毒）對人類產生有害影響。 污染物也可能間接地充當誘變劑（通過影響生殖的生物化學來損害子孫後代）或致畸劑（在受孕後損害胎兒）。
空氣和水污染物都有可能對人類產生二次影響。 空氣污染物可能落入水中，影響接收流的質量或影響農作物，從而影響公眾消費。 直接排放到受納溪流的污染物可能會降低水質，以至於飲用甚至在水中游泳都會對健康構成威脅。 水、地面和空氣污染也可能影響接收流中的海洋生物，最終可能影響人類。
空氣質量
幾乎任何涉及船舶建造、維護或修理的操作都可能產生氣體排放物。 許多國家規定的空氣污染物包括硫氧化物、氮氧化物、一氧化碳、顆粒物（煙霧、煤煙、灰塵等）、鉛和揮發性有機化合物 (VOC)。 產生“氧化物”標準污染物的造船和修船活動包括燃燒源，例如鍋爐和金屬處理用熱、發電機和熔爐。 顆粒物被視為燃燒產生的煙霧，以及木工、噴砂或噴砂操作、打磨、研磨和拋光產生的粉塵。
在某些情況下，鉛錠可能必須部分熔化並重新成型，以模塑成用於核動力船舶輻射防護的形狀。 鉛塵可能存在於從正在檢修或修理的容器上去除的油漆中。
有害空氣污染物 (HAP) 是已知或懷疑對人體有害的化合物。 HAPs 產生於許多造船廠作業中，例如鑄造和電鍍作業，這些作業可能會排放鉻和其他金屬化合物。
一些揮發性有機化合物，例如石腦油和酒精，用作油漆、稀釋劑和清潔劑以及許多膠水和粘合劑的溶劑，不是有害空氣污染物。 其他主要用於油漆操作的溶劑，如二甲苯和甲苯，以及幾種最常用作溶劑和清潔劑的氯化化合物，尤其是三氯乙烯、二氯甲烷和 1,1,1-三氯乙烷，都是 HAP。
水質
由於船舶是在水道上建造的，因此造船廠在將任何工業廢水排放到鄰近水域之前必須滿足政府頒發的許可證的水質標準。 例如，大多數美國造船廠已經實施了一項名為“最佳管理實踐”(BMP) 的計劃，該計劃被認為是控制技術的主要彙編，可幫助造船廠滿足其許可證的排放要求。
另一種用於有修船塢的造船廠的控制技術是 壩和擋板 系統。 大壩阻止固體進入污水坑並被泵出到鄰近的水域。 擋板系統將油和漂浮的碎屑擋在油底殼之外。
雨水監測最近已被添加到許多造船廠許可證中。 設施必須制定雨水污染防治計劃，實施不同的控制技術，以消除下雨時污染物進入鄰近水域。
許多造船廠也會將部分工業廢水排放到下水道系統。 這些設施在排放到下水道時必須符合當地污水法規的水質標準。 一些造船廠正在建造自己的預處理廠，旨在滿足當地的水質標準。 通常有兩種不同類型的預處理設施。 一種預處理設施主要用於去除工業廢水中的有毒金屬，第二種預處理設施主要用於去除廢水中的石油產品。
廢物管理
造船過程的不同環節會產生不同類型的廢物，必須按照規定進行處理。 鋼材切割和成型會產生廢物，例如鋼板切割和成型產生的廢金屬、鋼材塗層產生的油漆和溶劑以及去除氧化層和不需要的塗層產生的廢磨料。 廢金屬不會造成固有的環境危害，並且可以回收利用。 但是，油漆和溶劑廢料易燃，廢磨料可能有毒，具體取決於不需要的塗層的特性。
當鋼材被製造成模塊時，增加了管道。 為模塊準備管道會產生廢物，例如管道清潔產生的酸性和鹼性廢水。 這種廢水需要特殊處理以去除其腐蝕性和污染物，如油和污垢。
在鋼製造的同時，電氣、機械、管道和通風部件也為船舶建造的舾装階段做好準備。 這些操作會產生金屬切削潤滑劑和冷卻劑、脫脂劑和電鍍廢水等廢物。 金屬切削潤滑劑和冷卻劑以及脫脂劑在排放水之前必須經過處理以去除污垢和油。 電鍍廢水有毒，可能含有需要特殊處理的氰化物。
需要修理的船舶通常需要卸下船舶航行期間產生的廢物。 必須處理艙底廢水以去除油污。 衛生廢水必須排入下水道系統進行生物處理。 甚至垃圾和垃圾也可能會受到特殊處理，以符合防止引進外來動植物的規定。